DNAMAN最新版v9

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DNAMAN软件是一款专业的生物新信息软件，DNAMAN可以用于多序列比对、PCR 引物设计、限制性酶切分析、质粒绘图、蛋白质分析等，几乎囊括了所有日常核酸、蛋白质序列的分析工作。DNAMAN内置图形分析，您可以将自己的实验数据发布到软件上，利用自动统计以及图表功能获得详细的数据走势分析，为后期的模拟实验提供重要的参考数据。

软件功能：

两个引物互补

您可以使用DNAMAN检查两个寡核苷酸序列的互补性。 要执行此功能，第二个引物应通过选择引物|载入DNAMAN存储器 两个Primer互补命令。

DNAMAN搜索两个引物之间的互补序列。 结果表明两个引物之间的连续和不连续的互补序列。

PCR引物设计

您可以使用DNAMAN选择满足您扩增模板DNA要求的PCR引物。 设计了许多参数来筛选PCR引物，例如PCR产物大小，引物长度，Tm，GC组成和盐浓度的范围。 其他参数用于排除“低质量”引物。

导入和导出记录

从文本文件导入记录

从文本文件导入寡核苷酸序列是将大量oligo记录添加到数据库的便捷工具。

DNAMAN将记录的信息列入七个字段：名称，来源，备注，长度，GC含量，熔解温度和序列。如果数据库中有大量记录，则可以使用前四个字段作为排序键，以便在“记录列表”框中选择性地显示记录。

导向不匹配

定向错配可以通过在突变附近的位点引入单次或双重错配来创建或去除当前DNA序列或其变体上的限制性位点。 使用此功能，您可以创建或破坏限制性位点，以区分野生型等位基因与常见突变体等位基因。

DNAman怎么分析序列的酶切位点：

将待分析的序列装入Channel,点击要分析的Channel,然后通过Restriction/Analysis 命令打开对话框.
参数说明如下：
Results 分析结果显示
其中包括：
Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点） 
Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图） 
Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点） 
Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点） 
Target DNA （目标DNA 特性） 
circular（环型DNA）,dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）
参数说明如下：
Enzyme 
代表（enzyme data file）,点击旁边的下拉按钮,出现两个默认选项,restrict.enz 和dnamane.enz,
如果添加过自制的酶列表,则附加显示自制酶列表文件名.其中restrict.enz 数据文件包含180 种 
限制酶,dnamane.enz 数据文件包含2524 种限制酶.选择其中一个数据文件,相应的酶在左边的 显示框中列出（按酶名称字母表顺序）,鼠标双击酶名称,则对应的酶被选中,在右边空白框中列 出.要自制酶切列表,可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如puc18 multiple cloning sites）,然后点击按钮出现下列对话框：输入要保存酶列表的文件名,点击按钮即可保存.自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点.
Cutter 酶切识别序列长度；End 酶切产生的末端,其中包括,Blunt（平头末端）,5’Overhang 
（5’突出粘性末端）,3’Overhang(3’突出粘性末端),系统根据cutter 和end 的设定情况,在左边酶列表 中显示符合条件的酶.最后,点击按钮执行操作.